【創部】
　中学野球部は、2003年に立ち上がった。2001年に高校野球部の監督を勇退された井口一彦前監督が中心となり、井口監督を慕う人々の協力のもと、海星中学野球部が創部された。当時は、まだ軟式野球部で長崎市中体連に加盟しており、専用グラウンドがなかったため、ダイヤランドのグラウンドを借りるなどして練習し中総体に出場していた。創部間もないチームだけに部員数も少なく、野球経験のない選手もいた。そのため、相手が右打者の時はライトへ、左打者の時はレフトへと、その都度タイムをかけ、その選手を打者ごとに動かすこともあったというエピソードも残っている。その執念が実り、好成績を挙げた。
【硬式野球部へ】
　2004年秋、三和グラウンドが完成するとともに、それまで高校野球部が使用していた大山グラウンドが中学野球部のホームグラウンドとなった。これを機に、リトルシニア九州連盟に加盟し、長崎海星リトルシニアとして硬式ボールを扱うチームが誕生した。中学校を母体とする硬式野球部は非常に珍しく、当時九州では海星・佐世保北・神村学園の三チームしかなかった。

練習場（大山グラウンド）

海星高校野球部専用グラウンドとして1976年（昭和５１年）に完成。

それから数多くの甲子園出場、多くのプロ野球選手を輩出してきた。

2004年に長崎市宮崎町（旧三和町）に海星高校野球部専用グラウンドが新たに完成したため、長崎海星リトルシニアの専用グラウンドとなった。